《秘密里的帐篷》是一部温柔又略带奇幻色彩的校园治愈漫画，讲述转学生沈星晚在新学校里总是格格不入，直到她在学校后山废弃的旧操场旁，发现了一顶破旧但完好无损的帐篷。帐篷里贴满了各种小纸条——有人写下暗恋的心事，有人倾诉家庭的烦恼，有人描绘未来的梦想。沈星晚开始每晚悄悄来到帐篷，用小本子回复这些“秘密”，而第二天那些纸条总会被人取走，留下新的回应。她渐渐发现，这个帐篷是不同年级学生们心照不宣的“秘密树洞”，而帐篷的主人——沉默寡言的学长许檐，一直在默默维护着这片小小的精神庇护所。两人在守护帐篷的过程中，治愈了彼此内心最深的创伤。
学校决定拆除旧操场扩建体育馆，沈星晚和许檐发起了一场“秘密帐篷保卫战”。他们发动所有曾在帐篷里留下秘密的学生，在最后一夜用无数纸条将帐篷包裹成一座巨大的“纸房子”。校长看到这些来自孩子们的真挚心声，最终决定将帐篷整体迁移至新校园的角落。
沈星晚在帐篷夹层中发现了一封许檐写给已故母亲的信，日期是五年前。她终于明白许檐为什么沉默寡言——母亲去世那年，他逃到帐篷里写下了第一张秘密纸条，从此便守护着这个能让所有人放下伪装的地方。沈星晚偷偷把这封信贴在了帐篷最顶端，许檐看到后，第一次在她面前落泪。
高三学姐在帐篷里留下了关于“不敢填报梦想专业”的困惑，沈星晚回复了一整页的鼓励。几天后学姐来告别，送给她一枚自制书签，说已经决定报考设计专业。学姐离开时回头看帐篷，轻声说：“这里是我青春里最安全的角落。”
有人开始在帐篷里张贴恶意纸条，嘲笑某位同学的缺陷。沈星晚和许檐连夜排查，发现是隔壁班一个因自卑而嫉妒他人的男生所为。沈星晚没有揭发他，而是在帐篷里留下了一张写给“所有不安灵魂”的纸条，第二天那男生悄悄撕掉了自己的恶意留言。
暴雨夜，沈星晚发现帐篷里蜷缩着一个浑身湿透的一年级小女孩，因为父母争吵不敢回家。她陪小女孩在帐篷里待到雨停，用留言本编了一个关于“星星和帐篷”的童话。后来小女孩的母亲在帐篷里留下一封感谢信，信上写着“我重新学会了如何当妈妈”。
沈星晚因父母工作调动来到新学校，第一天就被排挤。她失落地走到后山，无意中掀开旧帐篷的门帘，里面暖黄的灯光和满壁的纸条让她愣住了。她拿起笔，在空白的纸条上写下：“这里可以收留一个迷路的人吗？”第二天她再来，纸条下多了一行清秀的字：“帐篷永远为你开着。”